Формирование коллекции фотографий и негативов началось с появления первого научного сотрудника - Ивана Андреевича Шабалина в стенах Остяко-Вогульского окружного музея в 1934 году. Первые поступления в фотоколлекцию были от «Музея народов Союза СССР» в августе 1935 года, который согласился оказать помощь в пополнении музейных фондов. Это были фотокопии с миниатюр Кунгурской летописи, фотографии с экспозиции отдела Севера ГМН.
В фонде фотографий и негативов Музея Природы и Человека храниться более 60 тысяч единиц хранения. Источники пополнения - самые разнообразные. Большая часть коллекции – это личные архивы и коллекции жителей Ханты-Мансийского округа, отражающие его этнографию и историю:
Коллекции фотографий и негативов на стекле Галкина А.И. сосланного в Самарово в 1906 году за политическую деятельность и землеустроителя, краеведа Балина В.Г насчитывает более 700 ед. хранения. Благодаря этим авторам музей имеет материалы о быте, охотничьем промысле, истории освоения Севера датируемые началом XX в. и др.
Личный архив семьи Скалозубовых-Голяновских, члены которой внесли огромный вклад в развитие сельского хозяйства и животноводства в округе: Скалозубов Николай Лукич (агроном Тобольской губернии, учёный, музеевед); Голяновская (Скалозубова) Ариадна Николаевна (научный сотрудник одного из первых опорных сельскохозяйственных пунктов округ, находящегося в с. Самарово с 1934 года).
Персональный фонд известного полярника Геннадия Ивановича Бардина насчитывает 362 ед.хр. Геннадий Иванович занимался изучением атмосферных процессов в Арктике и Антарктиде, изучал социально-экологические проблемы коренных народов округа. Академик международной Академии "Северный Форум", академии полярной медицины и экстремальной экологии человека. Автор свыше 150 научных статей, записок полярного синоптика "От Чукотки до Антарктиды". Его фотоальбомы это редкая возможность увидеть многие страны мира глазами советского путешественника.
Ценный вклад внесли и историко-этнографические экспедиции Музея Природы и Человека. Благодаря этой исследовательской работе в фонды музея попали фотографии политссыльных и спецпереселенцев, проживавших на территории нашего округа, ныне здесь живут их потомки. Данная коллекция насчитывает более 300 ед. хранения.
Коллекция участников Великой Отечественной войны, в том числе Героев Советского Союза – наших земляков, собранная совместно музеем и частными лицами. Она насчитывает более 300 ед. хранения
Коллекция негативов и фотографий краеведа, эколога Гордеева Юрия Ивановича, насчитывает около 3000 ед. хранения. Несёт информацию о строительстве г. Остяко-Вогульска, ныне Ханты-Мансийска, флоре и фауне Ханты-Мансийского автогамного округа за продолжительный период времени – 1960-2000-е гг.
Коллекции фотографий демонстрирующих развитие нефтяной, газовой, рыбной, лесной промышленностей. В них запечатлена информация о первых месторождениях нефти и газа, строительстве городов округа, строительстве первых рыбоконсервных заводов, лесозаготовительных участках, коллективах, лучших работниках и многом другом.
Так же в фонде фотографий и негативов собраны материалы по развитию спорта в Ханты-Мансийском округе, начиная с 30-х годов ХХ века и по сегодняшний день. Особое место занимают материалы чемпионах и ветеранах спорта, достигших значительных успехов в биатлоне.